Droit fondamental, la liberté de conscience et de religion n’est pas censée être affaiblie en détention. Le libre exercice du culte doit être garanti aux personnes incarcérées dans le respect du principe de laïcité. Il trouve toutefois à s’exercer de manière particulière en prison puisque, par dérogation à la règle selon laquelle l’État se subventionne aucun culte, la loi de 1905 autorise le financement d’aumônerie destinées à assurer le service du culte aux personnes qui, privées de leur liberté d’aller et venir, ne pourraient autrement en bénéficier. Tenue à la neutralité, l’administration pénitentiaire doit, en principe, assurer un traitement équivalent de toutes les confessions. Cependant, tel n’est pas le cas, notamment vis-à-vis de la religion musulmane. Ce culte n’a été pris en considération que tardivement au début des années 2000. Un effort de rattrapage a été réalisé depuis. Néanmoins, le nombre d’aumôniers reste bien insuffisant (231 en 2018 (dernières données publiées), avec les auxiliaires d’aumônerie bénévoles; comparativement pour le culte catholique, les effectifs des aumôneries sont de 720). Et surtout en raison des amalgames dévastateurs et stigmatisants que draine en prison la notion floue de lutte contre la radicalisation, tout musulman est désormais exposé au soupçon. Au point que certains n’osent plus se rendre à la prière du vendredi, voire même se déclarer musulman, par crainte de la stigmatisation.